In Duke Nukem 3D Atomic Edition explodiert die Ego-Action auf dem Macintosh, wenn der jähzornige Held die Menschheit verteidigt, indem er in 39 Levels voller Chaos und Gemetzel auf Außerirdische einprügelt. Mit einem tödlichen Arsenal an Pistolen, Schrotflinten, Granaten, Maschinengewehren, Minen, Kanonen, Bomben und mehr rennt, rennt, fliegt, fliegt (Jetpack), kriecht und springt sich durch vier Episoden: LA: Meltdown, Lunar Apocalypse, Shrapnel City und The Birth. Vier Schwierigkeitsstufen ermöglichen es den Spielern, sich in die Action zu stürzen oder anzugreifen, wobei von Anfang an alle Waffen lodern, während Duke auf Erdbeben, Wolkenkratzer, Schluchten, Abwasserkanäle und mehr trifft. Die Levels sind voll bevölkert mit Gegenständen zur Verbesserung oder Verbesserung der Gesundheit (Medikits, Rüstungen) und Ausrüstung (Jetpacks, Nachtsichtbrillen, Steroide, Stiefel, Tauchausrüstung und Schlüsselkarten) sowie einer Vielzahl von Feinden und Charakteren. Sturmtruppen und Captains, Schweinepolizisten, Panzer, Drohnen, Aufklärungspatrouillen, die Octabrain, Protozoid Slimers, Vollstrecker und mehr lauern in den vielen Levels und warten auf Dukes, eine besondere Art von Kontakt. Multiplayer DukeMatch bietet Platz für bis zu acht Wettkämpfer über LAN oder Internet sowie ein Modem-Match für zwei Spieler. Eine Fake-Multiplayer-Option ermöglicht es Solisten, gegen ein bis sieben computergesteuerte Spieler mit einstellbarer KI für ultimative Herausforderungen zu spielen. Duke Nukem 3D Atomic Edition unterstützt Maus, Joystick, Gamepad und Tastatursteuerung.